Dado que comunicar Matlab con el código C/CUDA (o C/C++) no es la principal preocupación para la tesis, se aplica un poca investigación al tema y se implementa rápidamente un protocolo que permite comunicar entradas y salidas. En este caso, la comunicación consta de varias matrices de entrada y varias de salida. En todos los casos se trata de números flotantes.
Para que la ejecución del programa escrito en C sea transparente, se crea una función Matlab con el mismo nombre que el programa C, esta función será la encargada de grabar en disco las variables Matlab, llamar al ejecutable escrito en C, esperar que concluya exitosamente y leer las variables de salida desde el disco.
Las variables en disco se crean en una ubicación definida por el código Matlab (generalmente en una carpeta temporal) y se comunican al programa C mediante argumentos
Este esquema tiene un payload asociado a la lectura/escritura en disco de las variables que podría evitarse con algún método más directo...
A futuro, se recomienda utilizar la compilación MEX de Matlab:
http://www.mathworks.com/help/techdoc/matlab_external/f23224.html
